Vòng bảng

Với tư cách là đội vô địch Cúp FA, United bắt đầu Europa League từ vòng bảng. Lễ bốc thăm diễn ra vào ngày 26 tháng 8 năm 2016 đã xác định các đối thủ của United gồm: á quân giải quốc gia Thổ Nhĩ Kỳ, Fenerbahçe; nhà vô địch cúp quốc gia Hà Lan, Feyenoord Rotterdam; đội hạng tư giải Ukraina, Zorya Luhansk. Trước đây đội từng hai lần đối đầu với Fenerbahçe tại cúp châu Âu (mùa 1996–97 và 2004–05) và một lần với Feyenoord (1997–98). Manchester United sẽ tới Hà Lan đầu tiên để gặp Feyenoord vào ngày 15 tháng 9, hai tuần sau đó là trận sân nhà với Zorya Luhansk, sau đó là hai trận cuộc đối đầu liên tiếp với Fenerbahçe, lần lượt tại Anh và Thổ Nhĩ Kỳ. Vòng bảng khép lại với các trận lượt về với Feyenoord và Zorya Luhansk. Do tình hình chiến sự tại Donbass, trận sân khách với Zorya Luhansk sẽ diễn ra tại sân Chornomorets ở Odessa.

Vòng đấu loại trực tiếp

Lễ bốc thăm vòng 32 đội diễn ra vào ngày 12 tháng 12 chứng kiến Manchester United được xếp cặp với Saint-Étienne của Pháp, đội đầu bảng C. Đây cũng là cuộc hội ngộ của Paul Pogba với người anh trai Florentin. Trận đối đầu duy nhất trước đây của Manchester United với Saint-Étienne là vòng một Cúp C2 châu Âu 1977-78. Ở trận lượt đi trên sân nhà, Zlatan Ibrahimovic ghi cú hat trick đầu tiên cho Quỷ Đỏ, trong khi tại Pháp, United có chiến thắng tối thiểu với pha lập công của Henrikh Mkhitaryan để loạt vào vòng 16 đội gặp FC Rostov của Nga.[10]